程小东自小学习京剧，毕业于香港唐迪的东方戏剧学校，学习北派功夫7年。在20世纪60年代末期开始成为武术指导，不过是从副武术指导开始干起，第一部作品是父亲程刚导演的《十四女英豪》。
1970年，程小东开始独挑大梁，担任武术指导，曾先后效力于无线、佳视、丽的（亚视前身）三家香港电视台。第一部武术指导电视剧为《侠盗风流》，此后为《天蚕变》、《大内密探》、《射雕英雄传》等武侠剧担任武术指导。
1979年，参与执导了动作电影《出笼马骝》，并在片中担任主演。
1980年，程小东以担纲徐克执导的惊悚动作片《第一类型危险》武术指导为契机，开始了与徐克的合作，先后为奇幻武侠片《新蜀山剑侠》、剧情片《刀马旦》、动作片《英雄本色2》等担任武术指导。
1983年，首次独立执导了武侠电影《生死决》，该片由徐少强、刘松仁主演，票房虽不理想，但却获得了良好的口碑，成为年度十佳电影之一，程小东因此受到关注并获得第3届香港电影金像奖最佳动作指导提名；同年，武术指导电视剧《射雕英雄传》。
1986年，导演了由周润发、朱宝意、蓝洁瑛、狄威主演的恐怖动作片《奇缘》，程小东因该片获第6届香港电影金像奖最佳动作指导奖。
1987年，执导了由徐克监制，张国荣、王祖贤、午马等主演的古装爱情片《倩女幽魂》，该片获得1987年法国第十六届科幻影展评委会特别大奖、葡萄牙科幻影展最佳作品奖。程小东因此获得第7届香港电影金像奖最佳导演、最佳动作指导提名。
1991年，应徐克邀请，担任《笑傲江湖》的续集《笑傲江湖Ⅱ东方不败》的导演兼动作指导，该片由李连杰、林青霞、关之琳、李嘉欣等主演，张叔平、麦子善、徐克担任幕后制作，影片上映后受到好评，程小东也获得了第12届香港电影金像奖最佳动作指导提名。
1992年，在由徐克监制，李惠民导演，梁家辉、张曼玉、林青霞和甄子丹主演的武侠电影《新龙门客栈》中担任武术指导，并因此获得第29届台湾电影金马奖最佳武术指导、第12届香港电影金像奖最佳动作指导提名；随后，与王晶、陈嘉上共同执导了由周星驰、林青霞、李嘉欣、袁洁莹、邱淑贞、陈德容联合主演的武侠喜剧《鹿鼎记Ⅱ神龙教》，该片最终票房超过3600万，位列年度票房第五名，程小东因该片提名第12届香港电影金像奖最佳动作指导。
1993年，程小东参与了由杜琪峰导演的动作奇幻电影《东方三侠》的制作，并在片中担任动作指导，成功将梅艳芳、杨紫琼和张曼玉打造成侠女，因此获得第13届香港电影金像奖最佳动作指导提名。
1996年，执导了奇幻冒险动作片《冒险王》，该片由李连杰、周比利、关之琳、杨采妮主演，程小东大胆选取了在现实和小说虚拟之间的题材，影片的标准按照好莱坞一线大片的模式进行，影片上映后获得好评；程小东获得第16届香港电影金像奖最佳动作指导提名。
2001年，程小东在周星驰自编自导自演，赵薇、吴孟达、谢贤、黄一飞等联合出演的喜剧电影《少林足球》中担任动作指导，因为片中运用了大量的电脑特效，所以该片成为程小东从影以来，电脑特效使用得最多的一部电影；程小东也因为该片获得了第38届台湾电影金马奖最佳动作设计的提名，第21届香港电影金像奖最佳动作指导提名。
2002年，应张艺谋邀请，程小东赴内地执导张艺谋的首部武侠电影《英雄》的武打场面，该片由李连杰、梁朝伟、张曼玉、陈道明、章子怡及甄子丹主演，影片上映后内地票房达2.5亿元人民币（占全年总票房四分之一，进入21世纪之后首部票房过亿的国产电影），全球票房共计1.77亿美元。程小东由此获得第22届香港电影金像奖最佳动作指导。
2006年，程小东与张艺谋第三次合作，负责其执导的历史剧情片《满城尽带黄金甲》的武打场面，该片由周润发、巩俐、周杰伦和刘烨等联袂出演，耗资3.6亿元人民币，打破国内投资纪录；程小东在片中设计的几场大规模的动作戏受到好评，获得第26届香港电影金像奖最佳动作指导提名、第12届香港电影金紫荆奖最佳动作指导提名。
2007年，担任由陈可辛执导，李连杰、刘德华、金城武主演的历史剧情片《投名状》的动作指导，应陈可辛的要求，程小东首次在古装片动作设计中不吊威亚，因此获得第45届台湾电影金马奖最佳动作设计提名。
2008年，独立执导了由甄子丹、陈慧琳、黎明、郭晓冬等主演的古装动作电影《江山美人》，程小东因在影片中的动作设计而获得第45届台湾电影金马奖最佳动作设计提名；8月8日，程小东担任2008年北京奥运会开幕式空中特技总导演。
2009年，担纲华谊上市后开拍的首部电视剧《追捕》的动作导演，程小东为此设计了不同于以往的新型动作。
2010年，担任王晶执导的科幻警匪片《未来警察》的动作设计，程小东配合电影的未来科幻感觉，让刘德华亲自上阵出演各种打戏，还把刘洋变身成为武打女星。
2011年，继《倩女幽魂》系列之后，程小东再度执导魔幻爱情影片《白蛇传说》，该片改编自中国四大民间传说之一的《白蛇传》，由李连杰、黄圣依、林峰、蔡卓妍、文章、徐若瑄等主演；影片上映后以2.29亿票房成为2011年内地国庆档票房冠军，跻身年度内地总票房前5名；海外上映首周以1689万美元票房问鼎全球票房榜周冠军，摘下了华语电影在全球票房市场的首个桂冠，并创下近10来华语电影海外版权出售最好记录；该片还作为唯一一部华语影片展映了第68届威尼斯电影节，获得西班牙西切斯电影节最佳贡献奖；程小东凭借此片荣获第二届纽约中国电影节“亚洲最杰出导演奖”，第31届香港电影金像奖最佳动作指导。
2014年4月，程小东执导的魔幻片《西游·盘丝洞》到张家界取景拍摄，该片取材于中国四大名著《西游记》，由李易峰、钟汉良、刘嘉玲、吴君如等联合主演。
2019年9月13日，程小东执导的电影《诛仙Ⅰ》上映。
2021年8月28日，与洪金宝、袁和平、元华、甄子丹和钱嘉乐共同主演的电影纪录片《龙虎武师》上映。
