1997年，客串了木村拓哉主演的悬疑剧《快递高手》。1999年9月13日，首次独立担任编剧的电视剧《日本恐怖童话六部曲之拇指公主》播出，该剧属于日本恐怖童话六部曲之一，集合东西方的童话题材加以改编而成，由吉田秋生执导，高桥一生主演。
2000年1月10日，由中山美穗、金城武主演的爱情剧《两千年之恋》播出，宫藤在剧中特别出演了女主人公真代的同事。4月14日，担任编剧的动作剧《池袋西口公园》播出，由堤幸彦执导，长濑智也、洼冢洋介、加藤爱等出演。该剧改编自石田衣良的同名推理小说，主要讲述了一群经常在池袋西口公园驻足的少年之间的故事，宫藤凭借该剧获得第25届日剧学院赏最佳剧本赏。
2001年1月10日，担任编剧喜剧的《火箭男孩》播出，该剧是由织田裕二领衔主演，中山裕介、市川染五郎等联袂主演。10月4日，参演的魔幻片《世界奇妙物语·2001年秋季特别篇》播出。10月20日，担任编剧的剧情片《GO!大暴走》上映，由行定勋执导，洼冢洋介主演。宫藤凭借该片获得第25届日本电影学院奖最佳编剧奖，这也是他首次担任电影的编剧。
2002年1月18日，由他自编剧本并参与执导的喜剧《木更津猫眼》播出，该剧讲述了一个叫做“木更津猫眼”的五人怪盗团的故事。宫藤凭借该剧获得第53届读卖文学奖戏剧剧本奖、2003年度艺术选奖文部科学大臣新人奖。4月12日，由堂本刚主演的剧情剧《梦想加州》播出，宫藤在剧中饰演男主人公山崎终的哥哥。7月20日，担任编剧的喜剧运动片《乒乓》上映，由洼冢洋介主演，宫藤借该片提名第26届日本电影学院奖最佳编剧
2003年2月8日，参演的惊悚片《十三级台阶》上映，该片由反町隆史主演。3月28日，由他编剧的悬疑犯罪片《池袋西口公园SP--SOUP篇》上映，由堤幸彦执导，长濑智也、加藤爱、妻夫木聪等出演。4月19日，担任编剧的喜剧《爱的魔法使》播出，由水田伸生执导，伊藤英明、筱原凉子主演。5月15日，首次担任主演的电影《福耳》上映，他在这部喜剧奇幻片中饰演了没有理想抱负，频繁的更换工作的里中高志。10月19日，担任编剧的爱情喜剧《曼哈顿爱情故事》播出，该剧以一家叫曼哈顿的咖啡馆店长的视角描写了各式各样客人的爱情故事，他凭借该剧获得第39届日剧学院赏最佳剧本奖。11月3日，编剧的喜剧运动片《木更津猫眼日本篇》上映，由金子文纪导演，冈田准一、樱井翔、酒井若菜等出演。
2004年2月14日，担任编剧的喜剧片《斑马人》上映，该电影是由三池崇史执导，哀川翔主演。5月8日，由长泽雅美主演的爱情片《在世界中心呼唤爱》上映，宫藤在片中饰演小朔、亚纪的同学大木龙之介。7月10日，编剧校园片的《69》上映，该电影是由李相日执导，妻夫木聪、安藤政信主演。
2005年，由他编剧的喜剧片《虎与龙SP》上映，由金子文纪执导，长濑智也、冈田准一、伊东美咲等出演。4月2日，自编导并参演的喜剧奇幻同性片《真夜中的喜多郎和弥次郎》上映，该片是由长濑智也主演，讲述了一对同性恋人，每日过着腐败生活的故事，这也是宫藤首次担任电影导演。4月15日，由其担任编剧的喜剧《虎与龙》播出，该剧集故事围绕日本传统艺能“落语”发生，他凭借该剧获得第45届日剧学院赏最佳编剧赏。同年，他还参演了伊藤英明主演的爱情片《充满胸口的爱》。
2006年5月22日，担任编剧的喜剧《我是主妇》播出，由高成麻亩子执导，齐藤由贵主演。5月27日，由中谷美纪主演的剧情片 《被嫌弃的松子的一生》上映，宫藤在片中饰演女主人公松子的同居男友，卧轨自杀的落魄作家八女川。10月28日，编剧的喜剧片《木更津猫眼--世界系列》上映，该片由金子文纪执导，冈田准一主演。
2007年4月7日，与阿部宽等人领衔演出动作奇幻片《大帝之剑》上映。6月16日，担任编剧的喜剧片《舞妓班》上映，他凭借该片提名第31届日本电影学院奖最佳编剧。10月5日，编剧由长泽雅美主演的爱情剧《在恒河游蝶泳》播出。10月20日，出演的剧情片《欢迎来到隔离病房》上映，片中饰演女主人公明日香的同居男友，名作家铁雄。同年，参演了由原田真人编剧执导的犯罪片《魍魉之匣》。
2008年1月11日，担任编剧的剧情剧《未来讲师》首播，由唐木希浩、高桥伸之导演，深田恭子主演。10月17日，编剧由二宫和也、锦户亮等出演的悬疑推理《流星之绊》播出，该剧改编自东野圭吾所著同名推理小说，讲述了双亲惨遭杀害，背负着沉重命运的兄妹三人14年后对凶手复仇的故事。宫藤凭借该剧获得第59届日剧学院赏编剧赏。
2009年2月14日，自编导的音乐喜剧片《少年手指虎》上映，由宫崎葵担任主演。5月16日，编剧的喜剧片《钝兽》上映，由浅野忠信主演。
2010年1月11日，与菅野美穗、香川照之、真矢美纪等人合作出演的犯罪剧《W的悲剧》播出。5月1日，编剧的动作片《斑马人2：斑马城的反攻》上映，由三池崇史执导，哀川翔主演。7月9日，自编导的刑事喜剧《自恋刑警》播出，该剧主要讲述了由长濑智也扮演的刑警，被女友抛弃后不思上进，每天都忙于寻找生命中的另一半的故事。宫藤凭借电视剧《自恋刑警》获得第29届向田邦子赏。11月20日，与吹石一惠合作主演的剧情片《怪怪怪的妻子》上映，饰演女主角的丈夫，漫画家武良茂。
2011年10月21日，担任编剧的喜剧《还有第11人》播出，该剧由神木隆之介、田边诚一、广末凉子等出演。2012年，由堺雅人主演的时代片《大奥～永远～右卫门佐·纲吉篇》首播，宫藤在剧中饰演纲吉的御台所，招揽右卫门佐的信平。2013年4月1日，担任编剧的晨间剧《海女》播出，该剧由能年玲奈、小泉今日子主演，讲述了少女天野秋回到母亲的故乡作为海女成为偶像的故事，宫藤凭借该剧获得第6届东京国际电视节·东京电视剧奖最佳剧本奖、第78届日剧学院赏最佳剧本奖。
2014年2月15日，由他编剧的剧情片《鼹鼠之歌》上映，该片是由三池崇史执导，生田斗真主演。4月14日，参演的剧情剧《极恶乱暴者》首播，其在剧中饰演法律事务所律师丰臣嫌太郎。
2016年4月17日，担任编剧的喜剧《宽松世代又如何》播出，由冈田将生主演，松坂桃李、柳乐优弥共演。6月25日，自编导的青春喜剧片《早死早投胎之地狱摇滚篇》上映，该片由长濑智也主演。同年，电影《早死早投胎之地狱摇滚篇》在第15届纽约亚洲电影节上获得了观众奖。
2017年1月17日，由松隆子、满岛光、高桥一生、松田龙平共演的爱情悬疑剧《四重奏》播出，宫藤在剧中客串出演了女主人公真纪的丈夫卷干生。7月2日，由其编剧的喜剧《宽松世代又如何SP：纯米吟酿纯情篇》首播。随后编剧的喜剧《我是山岸有何贵干》首播，该剧是《宽松世代又如何》的番外剧，由太贺担任主演。8月26日，参演的剧情片《生在幼子》上映，他在片中饰演女主角田中丽奈的父亲泽田。10月17日，担任编剧的犯罪喜剧《监狱公主》首播，由小泉今日子主演。
2018年11月12日，其原创剧集《远藤宪一与宫藤官九郎之受您指教了》在WOWOW台开播。
2020年，参演由田中裕子、苍井优主演的影片《我啊，走自己的路》。
2021年，创作和指导了舞台剧《爱拯救世界》，将于8月9日至31日在东京公演，9月4日至12日在大阪公演，9月15日至17日在宫城公演。
