1948年7月17日,侯耀文出生于北京市。1960年,12岁的侯耀文首次登台,表演节目是父亲侯宝林曾说过的相声《醉酒》。此后,由于父亲反对他从事相声事业,侯耀文以小名“小阿弟”作为自己的艺名,在相声舞台上度过了最初几年的时光。
1965年,刚刚初中毕业的侯耀文考上中国铁路文工团,并在那里和石富宽组成搭档。1970年,随文工团到河北保定的三十八军锻炼,劳动之余,也和战士们一起排戏,创作和表演了《智勇双全》《小球推着大球转》等十几个相声段子。
1976年10月,“文革”结束后,相继推出《财迷丈人》《见义勇为》《戏曲漫谈》等相声作品,侯耀文、石富宽的名字开始被广大听众所熟知。1976年7月28日,唐山大地震后第六天,随铁道抢险队赶赴灾区抢险、慰问。
1979年10月30日,被选为代表,参加了第四次中国文学艺术工作者代表大会。父亲侯宝林也是会议代表,由此父亲才认可了侯耀文在艺术上的地位。同年,当选为中华全国青年联合会委员。同年,参加中央慰问团,赴中越边界自卫反击战前线慰问。期间,创作了相声《一个神话的破灭》。
1983年2月12日,参加央视第一届春节晚会并表演相声《讲礼貌》。2月13日,在“新春乐文艺晚会”上,将停演32年之久的相声演员反串京剧的表演形式,首次搬上荧屏,在京剧《萧何月下追韩信》里扮演前半场萧何,其父侯宝林扮演后半场萧何。
1984年6月26日,参加在青岛举办的“全国相声评比会”,在该次评比中由沈永年、侯耀文创作,侯耀文、石富宽表演的相声《糖醋活鱼》被评为创作、表演两个一等奖。12月11日,跟随由侯宝林率领的中国曲艺说唱团赴美国访问,进行了有史以来第一次曲艺国外正式演出,先后在纽约、华盛顿、洛杉矶、旧金山、西雅图五个城市演出。12月29日,飞抵香港,在香港共演出8场。同年,侯耀文获得全国相声大赛最高奖——首届“侯宝林金像奖”。
1985年,为庆祝西藏自治区成立20周年,随中央慰问团登上海拔5000多米的唐古拉山,为铁路勘测队员们演出。
1988年2月16日,担任主持人的中央电视台春节联欢晚会播出。1989年2月5日,参加央视春晚的录制并与赵丽蓉合作,表演了小品《英雄母亲的一天》。
1990年4月5日,参加“上海国际相声交流演播”,表演相声《口吐莲花》。1994年2月9日,参加央视春晚的录制并与黄宏表演小品《打扑克》。12月10日,由李伯祥代拉师弟,拜师赵佩茹。
1996年,为京九铁路建设创作相声《京九演义》。1997年2月6日,参加央视春晚的录制并与石富宽表演相声《京九演义》。同年,随心连心艺术团赴香港演出,表演相声《楼上楼下》。
1998年2月,参加文化部、中宣部、铁道部三部委组织的“南昆文化列车”大型慰问演出活动。1999年,赴天津参加“庆祝刘文亨舞台生活50周年活动”,压轴演出相声《日本戏》。
2000年9月,加入中国共产党。2001年9月19日,恐怖分子在美国制造了“9·11”事件。在特殊时期,随中国侨联艺术团赴美慰问侨胞,在凤凰城、波士顿、达拉斯等九个地区举办慈善义演。11月1日,赴天津参加“庆祝魏文亮从艺55周年纪念晚会”,压轴演出相声《黄鹤楼》。
2002年11月5日,赴天津参加“纪念张寿臣诞辰104年学术研讨活动”,表演相声《八扇屏》。12月10日,出任中国曲艺家协会副主席。同年,出任中国铁路文工团副团长、艺术指导及说唱团团长。同年,担任CCTV全国电视相声大赛评委。
2003年9月11日,“全球华侨华人推动中国和平统一大会”在莫斯科举行,侯耀文参加了为代表举行的中秋晚会。9月21日,在北京民族文化宫举办相声大会,庆祝苏文茂从艺60周年系列活动,压轴表演相声《八扇屏》。10月28日,率领中铁文工团到湖南、海南,进行了巡回慰问演出。11月19日,担当北京相声小品邀请赛的评委。同年,担任CCTV全国电视相声大赛评委。2004年12月19日,担当北京相声小品邀请赛的评委。2005年1月10日,参加在民族文化宫大剧院举行的“笑星大义演,共同献爱心”义演,演出所得款全部捐献给印度洋海啸灾区。7月8日,赴杭州出席第五届中国曲艺节开幕式。7月16日,出席第五届中国曲艺节银川分会场开幕式。7月20日出席第五届中国曲艺节辽宁铁岭分会场开幕式。10月6日,参加了纪念郭启儒诞辰105周年相声名家专场晚会第二场、第三场,表演了相声《八扇屏》。12月25日,担当北京相声小品邀请赛的评委。2006年3月27日,率领中国铁路文工团“激情跨越”慰问演出团为基层巡演。9月23日晚,第四届中国曲艺牡丹奖颁奖晚会在南京五台山体育馆举行,担任颁奖嘉宾。10月25日,侯耀文参加了由美国教育基金会、美国美联公司共同主办的中国侨联艺术团“9·11”赴美慰问侨胞演出五周年纪念活动。10月29日,德云社十周年专场演出第一场在民族文化宫大剧院举行,演出对口相声《河南戏》。12月13日,带领中国铁路说唱团参加2006济南国际幽默艺术周,并举办相声专场晚会。同年,担任CCTV全国电视相声大赛评委。
2007年1月27日,随中国侨联艺术团赴意大利、葡萄牙、西班牙等地访问演出。5月21日,在深圳蛇口风华大剧院参加“纪念高英培诞辰80周年相声专场晚会”。6月12日,赴天津参加“纪念电影表演艺术家郭振清诞辰80周年”晚会。6月21日下午,侯耀文在天津参加了喜剧真人秀《笑傲江湖》总决赛最后一场的录制,定于7月初播出的该期节目成了侯耀文在电视屏幕上的最后演出。6月23日18时30分,侯耀文因突发心肌梗塞导致的心源性猝死,经过40分钟的抢救后,抢救无效,在北京市昌平区沙河玫瑰园别墅家中病逝,享年59岁。