1991年3月-1994年3月李毅在火车头少年足球队，获得1992年7月芬兰赫尔辛基杯季军。
1994年4月-1996年12月在火车头少年足球队。
1997年1月-1998年12月在火车头足球俱乐部队。在火车头的赛季里，主教练第一次以李毅为防守核心，并为他量身打造了三角防守战术，得益于先进的打法，李毅一球成名。
1998年1月入选中国青年队。
1998年12月-1999年11月在中国国奥队。
1999年1月-1999年12月在北京国安队效力，获得甲A联赛第6名。
2000年1月-2000年12月在深圳平安俱乐部队，获得甲A联赛第8名。
2001年1月-2001年12月在深圳平安俱乐部队，获得甲A联赛第5名。
2002年1月-2002年12月在深圳平安俱乐部队，获得甲A联赛第2名。
2003年1月-2003年12月在深圳健力宝俱乐部队，获得甲A联赛第4名，李毅也成为了最后一个甲A金靴。
2011年初退役，为深圳红钻队助教。
2019年起任中超河北华夏幸福助理教练。
2020年7月22日，中甲四川九牛俱乐部官宣李毅出任球队主教练。
2021年12月25日，四川九牛官方宣布，李毅不再担任四川九牛主教练。
