鹿岛鹿角时期
2006年1月，高中毕业的内田笃人与处于J联赛的鹿岛鹿角足球俱乐部签约，开始职业足球生涯。3月25日，内田笃人在鹿岛鹿角足球队对阵广岛三箭足球队的比赛中，第一次代表鹿岛鹿角足球俱乐部出场。
2006赛季，内田笃人代表鹿岛鹿角足球俱乐部在日本J联赛中出场28次，打入2球；在天皇杯中出场10次。内田笃人本人获得2006赛季日本J联赛最佳新人奖。
2007赛季，内田笃人代表鹿岛鹿角足球俱乐部在日本J联赛中出场31次；在天皇杯中出场8次。帮助鹿岛鹿角足球俱乐部获得日本J联赛冠军和日本天皇杯冠军。
2008赛季，内田笃人代表鹿岛鹿角足球俱乐部在日本J联赛中出场25次，打入1球，助攻1次；在天皇杯中出场1次，超级杯中出场1次，亚冠联赛出场6次，助攻2次。帮助鹿岛鹿角足球俱乐部获得日本J联赛冠军。内田笃人本人入选2008赛季日本J联赛最佳阵容。
2009赛季，内田笃人代表鹿岛鹿角足球俱乐部在日本J联赛中出场31次，助攻2次；在天皇杯中出场2次，助攻1次；超级杯中出场1次，亚冠联赛出场7次，打入1球。帮助鹿岛鹿角足球俱乐部获得日本J联赛冠军和日本超级杯冠军。内田笃人本人入选2009赛季日本J联赛最佳阵容。
2010赛季，内田笃人代表鹿岛鹿角足球俱乐部在日本J联赛中出场9次，助攻1次；,超级杯中出场1次，亚冠联赛出场7次，打入1球。帮助鹿岛鹿角足球俱乐部获得日本超级杯冠军。
沙尔克04时期
2010年7月，内田笃人以110万欧元的身价转会至处于德国足球甲级联赛的沙尔克04足球俱乐部，合约为期三年，球衣号码为22号。
2010-11赛季，内田笃人代表沙尔克04足球俱乐部在德甲出场26次，2148分钟，有31次带球过人，52次一对一抢断，2次助攻。加盟德甲第一季，他平均69分钟一次过人，平均41分钟一次抢断，平均1074分钟参与一个进球。欧洲冠军联赛出场11次，1次助攻，帮助球队打入欧冠四强；德国杯出场5次；德国超级杯出场1次。帮助沙尔克04足球俱乐部获得德国杯冠军和德国超级杯冠军。
2011-12赛季，内田笃人代表沙尔克04足球俱乐部在德甲出场18次，1444分钟，有25次带球过人，39次一对一抢断，助攻2次；欧联杯出场8次，助攻1次。
2012-13赛季，内田笃人占据了球队主力右后卫的位置，代表沙尔克04足球俱乐部在德甲出场24次，出场2034分钟，有36次带球过人，60次一对一抢断，1个进球和2个助攻；欧洲冠军联赛出场5次，助攻1次；德国杯出场1次。
2013-14赛季，内田笃人代表沙尔克04足球俱乐部在德甲出场19次，出场1521分钟，助攻4次；欧洲冠军联赛出场8次，打入1球，助攻1次；德国杯出场2次。
2014-15赛季，内田笃人代表沙尔克04足球俱乐部在德甲出场19次，出场1675分钟，助攻3次；欧洲冠军联赛出场7次；西部赛区地区业余联赛出场1次。
2015年1月14日，德甲联赛半程结束后，在德甲联赛官方网站进行了最佳球员的评选中，内田笃人得到了25.07%的高支持率，排在最佳球员第二位。
2015-16赛季，内田笃人因伤未能代表球队参加比赛。
2016年11月16日，手术后伤情多次反复的内田笃人重新回到球队的训练中。
2016-17赛季，内田笃人代表沙尔克04足球俱乐部在欧联杯中出场1次。
柏林联合时期
2017年8月22日，内田笃人转会至德国足球乙级联赛的柏林联合足球俱乐部。
2017-18赛季，内田笃人代表柏林联合足球俱乐部在德国足球乙级联赛出场2次，助攻1次。
回归鹿岛鹿角
2018年1月6日，内田笃人转会回归日本鹿岛鹿角足球俱乐部。
