1980年，佩德罗·阿莫多瓦根据自己为一本科幻杂志编写的同名色情小说，编导了第一部登堂入室的喜剧片《烈女传》，该片是一部性感的讽刺剧，给了佛朗哥时代的西班牙社会一记响亮的耳光。1982年，佩德罗·阿莫多瓦推出了他第二部编导的喜剧片《激情迷宫》，化着浓妆、穿着女性服装，大胆地以女人的造型出现，影片中体现出了那种及时行乐以及性乱的题材。
1983年，佩德罗·阿莫多瓦编导了喜剧片《黑暗的习惯》，该片中探索了那些生活在社会边缘的修女们的生活，描述一位妇女被迫当修女的故事。1984年，佩德罗·阿莫多瓦编导喜剧片《我为什么命该如此?》，该片讲述了家庭主妇日常生活的辛劳，内心的痛苦与挣扎的故事。
1986年，编导剧情片《斗牛士》，由安东尼奥·班德拉斯主演，该片探索了性和死亡的关系，并向观众描绘了多种性关系，更加深入了演绎的性欲及相关的法律问题。1988年，编导喜剧片《崩溃边缘的女人》，由安东尼奥·班德拉斯主演，该片涉及到了对女性的性特征和欲望的敏感题材，并在国内市场上创下了780万美元的票房收入。
1987年，佩德罗·阿莫多瓦与弟弟阿古斯汀·阿莫多瓦组建了家族式"欲望无限"电影制作公司。1990年，佩德罗·阿莫多瓦编导了情色片《捆着我，绑着我》，该片讲述了一位著名的女影星爱上了绑架、并劫持她为人质的歹徒的故事。
1991年，佩德罗·阿莫多瓦自编自导剧情片《情迷高跟鞋》，由维多利亚·阿布里尔、玛丽莎·佩雷德斯、哈维尔·巴登主演。1993年，自编自导爱情片《基卡》。
1995年，佩德罗·阿莫多瓦改变了编导风格，推出了心理片《窗边的玫瑰》。同年，执导伦理片《颤抖的欲望》，由贾维尔·巴丹主演，该片改编自鲁思·伦德尔的同名小说，探索了爱情、迷失和苦难。
1999年，佩德罗·阿莫多瓦自编自导剧情片《关于我的母亲》，由贝特·戴维斯、罗米·施奈德和吉纳·罗兰主演，佩德罗·阿莫多瓦获得了第52届戛纳电影节最佳导演奖，以及第53届英国学院奖最佳导演。该片讲述了女主角为车祸身亡的儿子寻找素未谋面生父的故事，获得了第57届金球奖和第72届奥斯卡奖的最佳外语片。
2002年，佩德罗·阿莫多瓦自编自导关于友情、爱情、寂寞、生存和交谈的剧情片《对她说》，获得了第15届欧洲电影奖、洛杉矶影评人协会最佳导演，第56届英国学院奖最佳编剧，以及第75届奥斯卡奖最佳导演和最佳编剧的提名，该片讲述了两个男人如何爱女人的故事。
2004年，拍摄惊悚爱情片《不良教育》，·该片是2004年戛纳电影节的开幕式影片，也是在开幕式上映的第一部西班牙影片，故事结构耗费了佩德罗·阿尔莫多瓦10年时间才完成。2006年，自编自导喜剧片《回归》，由佩内洛普克鲁兹、劳拉·杜纳丝主演。
2009年，执导爱情惊悚片《破碎的拥抱》，由路易斯·霍马、鲁本·奥钱蒂诺、佩内洛普·克鲁兹主演，该片为佩德罗·阿莫多瓦的第17部影片，使用了大量年轻的音乐人来为电影配乐，入围了第62届戛纳电影节主竞赛单元。2011年，执导剧情片《吾栖之肤》，由安东尼奥·班德拉斯、埃琳纳·安娜亚主演，该片入选了第64届戛纳电影节的主竞赛单元。
2013年，执导爱情喜剧片《我超兴奋》，由丝莉亚·洛芙、加维埃尔·卡马拉主演。2014年，担任喜剧片《荒蛮故事》的制作人，该片首映于2014年戛纳电影节主竞赛单元，后获得87届奥斯卡最佳外语片的提名和第67届戛纳电影节金棕榈奖提名。
2017年2月1日，佩德罗·阿莫多瓦担任第70届戛纳国际电影节主竞赛单元的评委会主席。2019年11月26日，力作《痛苦与荣耀》登顶《时代周刊》2019十佳影片榜首。同年12月，被“卫报”评为 “2019年度十佳导演”。
2021年9月10日，执导的电影《平行母亲》在西班牙上映。
