萨尔曼在1998年时和数名演员（Saif Ali Khan/Neelam/Sonali Bendre/Tabbu）共同受到猎捕保育类生物的指控以及2002年因车祸造成伤亡事件而被起诉，但由于两件官司的目击证人在侦讯时所录下的证词皆反复不一，使得案子成为罗生门而陷入胶着，造成媒体产生诸多揣测与穿凿附会的报道，严重伤害了他的个人声誉与形象 。
猎鹿案
1998年，在拉贾斯坦邦西部靠近焦特布尔的地方，萨尔曼·汗和片中搭档Saif Ali Khan，Sonali Bendre，Neelam和Tabu在拍摄影片《我们在一起》（Hum Saath Saath Hain）的过程中，涉嫌杀害保护动物印度羚。警方根据野生动物保护法指控包括萨尔曼在内的五人偷猎濒危野生动物。在1998年、2006年和2007年，萨尔曼因为这起案件三次被关押在焦特布尔监狱，一共长达18天，之后均得到批准得以保释。
2012年7月24日，拉贾斯坦邦高等法院最终确认了针对萨尔曼和其他演员的指控，案件审判开始。
两年的调查之后，2016年7月24日，拉贾斯坦邦高等法院认为没有任何证据证明死去的动物是被萨尔曼所持枪支打死的，判处萨尔曼汗无罪。
2016年10月18日，拉贾斯坦邦政府不满判决结果，要求就相关案件重新审理。
2018年4月5日，案发20年后，焦特布尔地方法院再次判决萨尔曼汗5年监禁，同时宣告同行其余演员Saif Ali Khan，Sonali Bendre，Neelam和Tabu无罪。
判决一出，引发了外界的诸多质疑。法官对此的解释是他身为明星会造成不良影响。此外当地盗猎活动猖獗，重判可以起到警示作用。众多宝莱坞明星，包括Jaya Bachchan、Arjun Rampal、Sonam Kapoor、Varun Dhawan、Raj Babbar、Ali Abbaz Zafar等人或在社交网络上声援，或前去萨尔曼父母家表示支持。印度新闻台台长兼总编辑Rajat Sharma发文认为萨尔曼因为自己的明星身份遭到了不公正的待遇。导演兼制片人Simi Garewal、孟买时报前主编Mark Manuel更是先后发文披露萨尔曼是代人受过，真凶另有其人。更有传闻认为此时正值拉贾斯坦邦选举前夕，以印度羚为神兽的当地最大票仓Bishnoi群体对萨尔曼积怨已久，萨尔曼汗很可能成为了当地政府拉拢选票的政治牺牲品。
之后萨尔曼汗的辩护律师更是遭到威胁，禁止他出席保释听证会。
最终萨尔曼汗在2018年4月7日获准保释，此案有待继续上诉。
驾车肇事案
2002年9月28日，萨尔曼汗所乘坐的车辆由于爆胎失控撞向孟买一家面包店，导致一名在人行道上睡觉的流浪汉死亡，另外三人在事故中受伤。2013年7月24日，他被指控犯有过失杀人罪，对此他坚持自己是无罪的。
2015年5月6日，孟买地方法院认定萨尔曼汗有罪，将他判处5年有期徒刑。同日晚些时候，萨尔曼汗被孟买高等法院准予保释，直至最后上诉听证会。他的司机Ashok Singh作证，时隔多年承认案发当时驾驶汽车的人是自己，而非他的雇主萨尔曼。此外本案检方重要证人因为严重的肺结核已经于2007年在医院死亡。2015年12月，由于缺乏证据，萨尔曼汗被判无罪。孟买高等法院认为控方无法证明针对萨尔曼的任何指控，无法证明萨尔曼是否驾车，是否喝酒；地方法院对他的审讯不正当、不合法；因为情况混乱无法控制，萨尔曼无法将受害者送医，并非酒后逃逸。时隔13年，萨尔曼终于得到了清白。
