1990年NBA选秀,托尼·库科奇以第2轮第2顺位、总第29位被芝加哥公牛队选中,但因故未能于当年进入NBA。
1993年7月19日,公牛队正式签下了托尼·库科奇,那一年因乔丹宣布退役,托尼·库科奇成了公牛重建的砝码。
1993-1994赛季,托尼·库科奇出战75场常规赛,其中8次首发,场均得到10.9分,4个篮板和3.4次助攻,并参加了1994年的全明星新秀赛,入选1993-1994赛季最佳新秀阵容第二阵容。在他的处子战,1993年11月5日与黄蜂队的比赛中,托尼·库科奇24分钟内拿下10分,5个篮板以及1次助攻。11月26日对垒小牛队,库科奇得到赛季新高的24分。季后赛东部半决赛,公牛队对尼克斯队第三场比赛仅剩1.8秒时,公牛101比102落后,主教练菲尔·杰克逊决定,最后一击由托尼·库科奇完成,并由皮蓬为库科奇掩护,托尼·库科奇投中了致胜三分球。
1994-1995赛季,由于乔丹的回归,公牛队在中部区取下常规赛第三,以3比1打败黄蜂挺进东部第二轮。托尼·库科奇参加了所有10场季后赛,在对黄蜂队时取下自己2年季后赛生涯最高的22分。整个赛季,托尼·库科奇20次超过20分,2次超过30分,包括95年2月17日对底特律活塞队取下33分。3月30日,公牛对阵凯尔特人,库科奇全场得到14分10个篮板及11次助攻,收获NBA生涯第一个三双。赛季出战81场常规赛比赛,其中55场首发,场均得到15.7分、5.4个篮板以及4.6次助攻。1995-1996赛季,丹尼斯·罗德曼的到来,乔丹归来后的首个完整赛季,这一切因素使主力阵容已经饱和的公牛需要一个随时能从板凳上站起来,投身于前锋或得分后卫角色的球员。托尼便担任了这一角色。这个赛季,托尼·库科奇当选联盟最佳第六人,帮助公牛队取下72胜。在场均26分钟出场时间内得13.1分,4个篮板及3.5次助攻,作为替补的托尼在队内得分第三,篮板第五。库科奇20次作为先发出战,以第六人身份出赛61次,作为先发时,他场均32.8分钟的出场,取下17.7分,4.5个篮板及4.4次助攻,全季比赛,托尼48次得分达到2位数,12次超过20分,包括对迈阿密热队时的34分。在他出场的15场季后赛中,5次先发,季后赛场均10.8分,4.2次篮板,3.9次助攻,在总决赛对西雅图超音速队时,库科奇场均取下13分。
1996-1997赛季,受伤病影响,托尼·库科奇缺席了25场比赛,在出战的57场比赛中,42次拿到了两位数得分,1996年12月17日,在公牛队和湖人队比赛中,库科奇全场得到31分,帮助公牛129-123战胜湖人,赛季平均出场28.6分钟,得到13.2分、4.6个板和4.5次助攻。
1997-1998赛季,由于皮蓬的受伤,托尼·库科奇成为了开季小前锋的首选。托尼参加了74场常规赛,52次首发。在全部21场季后赛中出场17次,包括全部6场总决赛。总决赛第五场,托尼·库科奇一度成为公牛唯一的得分源头,得到全队最高的30分,并贡献6个篮板。
1998-1999赛季,乔丹的退役,皮蓬西走休斯顿,托尼·库科奇成为了公牛的领袖。在得分、篮板、助攻上都领先全队,场均得到18.8分,7个篮板与5.3个助攻,场均得分列NBA第18位。1999年2月9日,对亚特兰大鹰队,完成职业生涯的第1500次助攻。
2000年2月16日,托尼·库科奇离开芝加哥,加入费城76人队,3月26日,对印第安纳步行者队,库科奇全场得到19分、10个篮板和10次助攻,收获职业生涯的第2个“三双”。
2001年2月,托尼·库科奇被费城76人队交换至亚特兰大老鹰队。3月14日在与灰熊队的比赛中,托尼·库科奇得到了职业生涯中第三个“三双”,20分、11次助攻和10个篮板球,带领鹰队109-99战胜灰熊队。
2002年,托尼·库科奇加盟密尔沃基雄鹿队。
2002-2003赛季,托尼·库科奇的三分球命中率高达53.8%,并连续三场比赛投中制胜球。
2003-2004赛季,托尼·库科奇出战场73场比赛,场均8.4分,2004年1月16日在主场对阵新泽西网的比赛中,最后时刻托尼·库科奇又强打篮下,造成对手犯规,并稳稳地两罚命中,最终率领雄鹿86-83主场奏凯,库科奇在上场24分钟的情况下得到球队最高的17分。
2004-2005赛季,托尼·库科奇代表雄鹿队参加的53场比赛,平均每场出场20.7分钟,场均拿下5.6分,3个篮板以及3次助攻。
2005-2006赛季,托尼·库科奇在雄鹿共出场65次,场均出场16分钟,得到4.9分、 2.3个篮板。在季后赛中,库科奇场均出战17分钟,得到7.3分。
2006年9月12日,托尼·库科奇确定退役。